Dimasukkan dengan delapan menit tersisa di lini depan, bek tengah Araujo berhasil menyundul umpan silang Frenkie de Jong di menit ke-92 untuk mengakhiri rentetan dua kekalahan Barcelona dan memicu selebrasi meriah.
Pedri membawa tuan rumah unggul di Estadi Olimpic Lluis Companys dengan tendangan rendah dari tepi kotak penalti yang membentur tiang gawang.
Namun Girona segera menyamakan kedudukan melalui tendangan salto fantastis Axel Witsel menyusul tendangan sudut.
Barcelona memiliki banyak peluang untuk kembali unggul, terutama melalui Marcus Rashford, yang tendangan bebasnya membentur mistar gawang di babak pertama.
Pemain pinjaman Manchester United itu juga memiliki peluang emas di babak kedua, tetapi hanya mampu menepis umpan silang rendah dari jarak beberapa meter.
Manajer Barcelona, Hansi Flick, diusir wasit karena reaksinya setelah empat menit waktu tambahan yang ditentukan oleh wasit keempat.
Ia akan absen pada pertandingan liga Barcelona berikutnya, melawan Real Madrid di El Clasico pada tanggal 26 Oktober pukul 15:15 GMT.